V letech 1939-1945 probíhala různá protektorátní omezení. Počínaje výukou náboženství na školách a konče svátečními pobožnostmi a zakázanými procesími mimo kostel. V roce 1942 došlo k dalšímu rekvírování zvonů. O rok později přijel do Jihlavy litoměřický biskup Dr. Antonín Weber a ve zdejším kostele biřmoval. V roce 1944 je zde zaznamenán P. Norbert Škrdlík. Zajímavé je svědectví jednoho z tehdejších ministrantů, Rudolfa Roubala, že všechny zdejší bohoslužby byly konány v období protektorátu v české řeči.
Jedna významná událost se přece jenom za okupace stala. Zprávu o tom přinesly Jihlavské listy 15. 12. 1939. Usnesením generálního definitoria minoritského řádu v Římě byl zvolen provinciálem a generálním komisařem české provincie sv. Cyrila a Metoděje P. M. ThDr. Theodor Kaláb, zdejší vikář. Narodil se 13. 11. 1888 ve Tvarožné u Brna. V Jihlavě působil krátce po návratu ze studií v Římě v roce 1915 a od roku 1937 tady trvale nastoupil jako vikář. Byl oblíbeným katechetou a předsedou Katolického spolku v Jihlavě. Svůj nový úřad nastoupil v klášteře u minoritů v Brně.
V roce 1945 měl u minoritů triduum, duchovní obnovu, katolický spisovatel P. Sylvestr Braito. V roce 1946 je zde zaznamenán P. Emerich Krchňák. Dne 25. října 1946 byla v chrámu po celý den vystavena Nejsvětější Svátost. U příležitosti svatovojtěšských oslav v Jihlavě v kostele u sv. Ignáce byla konána celá řada bohoslužeb. Dne 6. června 1947 se jich od minoritů zúčastnil katecheta P. Jaroslav Veselý a minorita P. Alfons Lhotský, představený kláštera a na dlouhou dobu poslední zdejší kvardián. Oslavy probíhaly i následujícího dne a potom se ostatky sv. Vojtěcha slavnostně odebraly na cestu do Třebíče.
Tou dobou tady ministroval i autor těchto řádků. Velmi dobře si vzpomínám na zkoušky z latiny, na ranní mše o 6 a 7 hod., stejně jako odpolední požehnání v 18 hodin. O chod kostela se tehdy velmi pečlivě staral kostelník pan Alois Středa, který rovněž organizoval celou řadu pěších poutí do Plander, do Hybrálce či na Křemešník. Byl posledním, kdo se staral o kapli Nejsvětější Sv. Trojice ve Starých Horách, která byla neznámým vandalem zbořena. Písemně tehdy požádal památkáře o povolení k obílení kaple vápnem. Pokud si pamatuji ministrovali tady tou dobou sourozenci Hukovi, Fialovi a Voldán. Na obecné škole ve Fibichově ulici mě náboženství vyučoval D. P. Lhotský a Korchňák, později P. Veselý a P. Volf. Pamatuji se na stařičkého P. Cyrila Janotu a P. Řezníčka od kapucínů, který dojížděl na poutě ke kapli sv. Antonína nad Rounkem. Při jedné z těchto cest ho na městském nádraží v Jihlavě náhle a neočekávaně přepadla srdeční slabost a po převozu do blízké nemocnice zemřel.
Zúčastnil jsem se celé řady procesí Božího Těla, které tehdy procházelo ulicemi města ke čtyřem oltářům : bočním vchodem se vstupovalo do ulice Minoritské, dále se šlo Židovskou, Mrštíkovou, Palackého, Benešovou, krátce Žižkovou a potom ulicí Matky Boží zpět hlavním vchodem do kostela. Na přání pozůstalých byly konány smuteční průvody z domu smutku až na hlavní hřbitov. Pamatuji i několik pohřbů na hřbitově na Kalvárii. Pohřební vůz byl tažen párem černých koní, průvod doprovázela hudba, za rakví kráčel kněz nebo i kněží s ministranty, na čele průvodu šel ministrant s černým límcem a komží a s křížkem. Provoz se vždy zastavil, stejně tak lidé na chodnících, muži smekali klobouky a stáli s obnaženou hlavou dokud celý průvod nepřešel.
Návštěva kostala bývala samozřejmostí. Při nedělním kázání stávali učitelé se svými žáky pod kazatelnou. Lavice bývaly zaplněné i ve všední dny, doslova nabito bývalo o nedělích a svátcích. Na závěr těchto mší se hrával a zpíval svatováclavský chorál, později byl zpěv zakázán coby provokace.
- pokračování ve čtvrtek 26. června -