I když v současné době probíhá rekonstrukce přírodovědných expozic, jejichž otevření se předpokládá ke konci letošního roku, je stále možné prohlédnout si stávající expozice:
Krása středověké plastiky
Od renesance po průmyslovou revoluci
Dolování stříbra a mincování na Českomoravské vrchovině
Nerostné suroviny Českomoravské vrchoviny
Geologie Českomoravské vrchoviny.

Muzejní pracovníci připravili na letní měsíce také zajímavé výstavy:
Archeologie na hranicích mezi Čechami, Moravou a Rakouskem
výstava mapující archeologii regionu jižních Čech, Vysočiny, jižní Moravy a Dolního Rakouska od pravěku do novověku
Všichni jsme stvořeni z lásky
mezinárodní výstava prací členů surrealistické skupiny Stir-up a jejich hostů
Krojované panenky
od 1.srpna představí v prostorách muzejních arkád své panenky v replikách lidových krojů Eva Jurmanová a Marie Žilová.

V Kavárně Muzeum je do 4. srpna k vidění výstava cestovatele Michala Černého Ťan-Šan: Vrcholy a jezera Nebeských hor, která přináší několik pohledů na ledovce, vrcholy a jezera tohoto málo známého asijského pohoří.
6. srpna začíná v tomto prostoru výstava fotografií studentky jihlavského gymnázia Anežky Konupkové s názvem Kdo se dívá do trávy…