Na jaře roku 1868 schválila říšská rada řadu ústavních doplňků, v nichž byla církvi odňata celá řada do té doby uznávaných práv. V Rakousku tak prakticky došlo k likvidaci konkordátu uzavřeného roku 1855. Jihlavský magistrát si podle farní kroniky pospíšil s vyslovením bezvýhradné podpory vládě, což bylo pro fary velikým překvapením. Do popředí zájmu se opět dostala problematika nového hřbitova, neboť starý u sv. Ducha byl na překážku rozvoji města a neodpovídal novým hygienickým požadavkům. Po řadě vzrušených jednání bylo nakonec přistoupeno k vysvěcení nového na Panenském předměstí. Slavnost se konala 26. září 1869. Průvod tehdy vyšel z kostela sv. Jakuba k minoritům, kde se k němu přidali zdejší duchovní a pak pokračoval dále, až na nový hřbitov. Vlastní svěcení provedl D. P. rada Kornel Köpl od sv. Jakuba a slavnostní řeč měl minoritský kvardián.
11. května 1871 se v Jihlavě u minoritů opět konala biskupská vizitace novým brněnským biskupem Karlem Nöttigem. Během ní bylo ve zdejším chrámu biřmováno přes 3.400 věřících. V roce 1874 byla v dnešní Fibichově ulici otevřena nová škola, Giselaschule, mající oddělení dívčí a chlapecké. O katecheturu se nakonec postarali minorité, byť se tomu P. Theodor Hammert zpočátku bránil a chtěl převzít pouze dívčí oddělení. Další rok byl rokem milostivého léta. Ve všech jihlavských kostelích se 29. května vyzvánělo a 30. května probíhaly slavné bohoslužby. Podle kostelů byly dohodnuty čtyři kající průvody, ale nakonec se uskutečnily pouze dva. V tomtéž roce byla v září otevřena v Husově ulici dívčí měšťanka, kde výuku náboženství v pěti třídách přijal minorita P. Šebestián Čapka.
Pěkné slavnosti se dočkal zdejší klášter 10. září 1876, kdy zde slavil sekundici minoritský kvardián P. Klarus Neubauer, který nepřetržitě po 32 let vedl zdejší faru. O vystrojení obřadu se tehdy postaralo samo město.
K roku 1880 bylo provedeno sčítání obyvatel. Jihlava měla 21.378 duší, z toho 20.836 katolíků. Farnost minoritská tehdy čítala 6.372 duší. Dne 29. září 1880 zemřel po 44 letech zdejšího působení kvardián P. Klarus Neubauer, bylo mu požehnaných 88 let. V roce 1883 se uvádí při zdejším konventu i fara se čtyřmi kněžími a jedním laikem.
V roce 1886 vysvětil zdejší kvardián P. Kornel Brust nové obrazy křížové cesty ve farním chrámu u sv. Jakuba. Téhož roku bylo provedena úprava Minoritského náměstí. Vedle osázení prostoru třemi lípami a několika dalšími stromy poblíž východní strany kostela byla zbourána a odstraněna stará sakristie. Její základové zdivo bylo počátkem 21. století zdokumentována a zakonzervováno. Tehdy došlo i k přemístění kříže s litinovou ohrádkou, který stával mezi dvěma stromy v ose východního výstupku chrámové lodi. Kříž byl zhotoven jihlavským kamenickým závodem Hurda a stal se vzorem pro podobný kříž postavený věřícími v Kamenici u Jihlavy, o čemž přináší svědectví tamní kronika obce Kameničky.
V 80. letech došlo rovněž ke zvětšení stávajícího starého betlému. Zasloužil se o to sám kvardián P Brust. Do té doby stával betlém na oltáři sv. Františka. Nové figurky vyřezal p. Boudný starší z Brtnice. Novou podobu pak betlém získal díky faráři P. Mansvetu Adámkovi, který přikoupil další figurky od p. Boudného mladšího a k tomu získal celý betlém od p. Kecka z Jihlavy, který byl řezbářem a současně kotlářem na rakouské námořní lodi. O koupi se rovněž přičinil P. Cyril Janota. Objekty domů a paláců pocházejí od pp. Neuwirtha, Mikscheho, Pettana a jiných výrobců.
V roce 1887 se konala generální vizitace a biřmování za účasti českého biskupa Salesiuse Bauera. Dne 24. srpna 1894 zemřel po dlouhé a těžké nemoci kvardián P. Brust a na jeho místo nastoupil P. Manauet Adámek. Ten také 28. října téhož roku pronesl při svěcení nového kostela na hřbitově slavnostní kázání, když světící akt provedl D. P. rada Nepomuk Králík od sv. Jakuba. Pro budoucí časy pak bylo rozhodnuto, že pouť se zde bude konat vždy na svátek Nanebevstoupení Páně a to od minoritů, protože hřbitov leží na jimi spravovaném Panenském předměstí. Obhospodařován měl být oběma faráři, jak od minoritů, tak od sv. Jakuba, do jejichž ochrany byl svěřen i postupně se rozrůstající inventář. Jinak správu hřbitovní kaple měl mít zvláštní, pro tento účel zvolený, výbor. První pouť se zde slavila 23. června 1895. Později městská rada rozhodla, aby pouť obstarávali střídavě minorité a premonstráti.
V závěru 19. století docházelo stále častěji k národnostním střetům mezi místními katolíky. Jedním z nejméně oblíbených českých kněží byl pro německé věřící P. Isidor Zahradník od sv. Jakuba. Pochopení tehdy našel u zdejšího kvardiána P. Adámka. Ten dostal nápad, pozvat P. Zahradníka jako slavnostního kazatele na porciunkuli. Němci tehdy zaplnili minoritský chrám do posledního místečka, ale jakmile vystoupil P. Zahradník, nastal rozruch a veškeré shromáždění na protest opustilo kostel. Jak poznamenal kronikář, zůstala jen hrstka opravdových katolíků. Dokonce i na oběd odmítli pozvaní hosté přijít. Tím vším velmi utrpěla duchovní správa, o čemž tehdy nebylo pochyb. Taková však byla doba.
- pokračování v úterý 24. června -